El Museo Nacional Benjamín Vicuña Mackenna fue creado por Ley Número 8.929 de la República en 1947, y se inauguró en forma oficial el 21 de noviembre de 1957. Desde entonces y hasta marzo 2018 fue una unidad de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (DIBAM), siendo actualmente una dependencia del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural del Ministerio de las Culturas, las Artes y el Patrimonio.
En la actualidad, la misión del museo es "Difundir la vida y obra de Benjamín Vicuña Mackenna (1831-1886), con especial énfasis en su legado urbano en Santiago, contribuyendo al conocimiento del desarrollo, planificación y problemáticas de la capital, reflexionando estas temáticas en conjunto con sus habitantes".