La Colección del museo comienza a formarse en 1947, en conjunto con la construcción del edificio que hoy alberga la institución, con el objetivo de preservar y poner en valor el legado de Benjamín Vicuña Mackenna, comprendiéndolo como un influyente político, escritor, historiador y periodista de Santiago de Chile en el siglo XIX.
En la actualidad, el museo resguarda la colección inaugural, compuesta de diversos objetos patrimoniales que pertenecieron a Vicuña Mackenna y su familia. Muchos de éstos objetos son destacados en las colecciones digitales del museo, donde además es posible acceder a diversos contenidos que acercan el legado de Vicuña Mackenna a la comunidad.