Durante la década de 1860, Vicuña Mackenna defendió activamente los principios del americanismo y criticó con fuerza la doctrina Monroe y la pasividad de Estados Unidos ante la anexión española de República Dominicana y la invasión francesa a México.
El rechazo a estas ocupaciones lo llevó a fundar en 1862 la Sociedad de la Unión Americana junto con otros intelectuales como José Victorino Lastarria, Miguel Luis Amunátegui, Domingo Santa María, Pedro León Gallo y los hermanos Manuel Antonio y Guillermo Matta. De carácter independiente al Gobierno, la Sociedad funcionó hasta 1867, con el declarado propósito de sostener la independencia de América y promover la unión de sus repúblicas.
Tras la ocupación de las Islas Chincha en Perú, el Gobierno de José Joaquín Pérez le declaró la guerra a España y envió a Vicuña Mackenna a Estados Unidos como agente confidencial para agitar la causa americana. En sus palabras, debía «promover en la opinión de aquella República simpatías calorosas y abiertas por nuestra causa, que […] empujen al Gobierno de los Estados Unidos a obrar activamente en nuestro favor […]. Granjear a Chile amigos […] suscitar a España enemigos» (Vicuña Mackenna 1867, 7).
Mantuvo la misión oculta a su familia y, tras el bloqueo de la escuadra española a los puertos chilenos, se embarcó secretamente rumbo a Lima, donde supo del levantamiento del Ejército peruano y reactivó las redes de comunicación que había formado con intelectuales americanos durante su exilio. Desde ahí viajó a Panamá, donde celebró mítines en contra de las potencias europeas y buscó apoyo de presidentes y cancilleres centroamericanos.
Arribó a Nueva York en noviembre de 1865 y, por iniciativa personal, inició gestiones para conseguir armamentos y embarcaciones para la guerra que Chile y Perú libraban contra España. Al año siguiente, se enteró del bombardeo a Valparaíso y, abrumado por la destrucción del puerto y la desfavorable acogida que había recibido en Estados Unidos, se concentró en difundir su labor por otros medios:
- Publicó artículos en la prensa para reivindicar la lucha nacional y peruana contra los hispanos.
- Se vinculó con políticos sudamericanos, especialmente con Matías Romero, ministro de México, y Domingo Faustino Sarmiento, encargado de la legación argentina.
- Compuso el folleto de propaganda «Chili, Spain and the United States», que contenía la conferencia sobre la doctrina Monroe que había dictado en el Club de Viajeros, la carta al director del periódico español La Época, un artículo sobre Lincoln y diversos documentos relativos a sus actividades en el país del norte.
- Dio a la estampa el folleto «A sketch of Chile», breve reseña estadística, comercial y topográfica de la república.
- Fundó el periódico La Voz de la América, del cual fue director hasta junio de 1866, y en cuyas páginas apoyó y fomentó la independencia de Cuba y Puerto Rico.
Regresó a Chile en 1866 por expresa indicación del Gobierno y al poco tiempo retomó la escritura:
- Publicó Diez meses de misión a los Estados Unidos en 1867, para justificar sus actos como agente confidencial.
- Escribió Historia de la guerra de Chile y España (1863-1866), en el mismo momento en que se negociaba el fin del conflicto bélico.
- Retomó sus actividades en la Sociedad de la Unión Americana y a su alero compiló la Colección de ensayos y documentos relativos a la Unión y Confederación, y redactó Bases de la Unión Americana.
El Museo Benjamín Vicuña Mackenna conserva gran parte de los libros y folletos relativos a su estadía en el país del norte y su visión del americanismo. Las primeras ediciones de estos textos se encuentran disponibles para ser consultados en la biblioteca de la institución.